Wordpress3.0（既に3.0.1が出てますが）になり、マルチサイト化が可能となりました。興味を持って調べていたのですが、どうも導入にデメリットといいますか条件があるようなので、覚え書きも兼ねて記述しておきます。
サブフォルダでの運用
これが基本パターン。ここで気をつけておくことは、マルチサイトかを行う場合、
ドキュメントルート直下にインストールする必要があること。フォルダなど下層階層にインストールした場合はマルチサイト化ができません。マルチサイト化の方法については、調べると丁寧に解説しているサイトがたくさん見つかるので割愛します。
サブドメインでの運用
サブドメインでの運用はレンタルサーバーに左右される。やってみてできなかったら、できない。なので、コミュニティやレンタルサーバーのサポートで動作確認をしておく必要があります。
独自ドメインでの運用
WordPress MU Domain Mapping というプラグインを使う必要があります。私の方では試していないので、もしかすると独自ドメインもレンタルサーバーに左右されるかも知れません。
１DBの使用
マルチサイト化した場合、使用するDBは一つです。ということは、複数サイトを運営した場合、負荷が増大します。これは一つのドメイン配下にサブフォルダで2つのWPを入れた場合と似たケースになりますので、変わらないと言えば変わらないのですが。基本動的なページを生成するCMSの場合、サーバーに負荷がかかりやすい傾向にあります。回線が細いレンタルサーバーを使っているユーザーであれば、マルチサイト化はお薦めできないかも知れません。
結果、マルチサイト化はリスクもあるので、無理をしてまで導入する必要は無い、のではないかと思います。こういうのを調べていると、他のCMS（MTとか）はどうなのかすごく気になりますね。